NL Grid Documentation

Cluster UGM tersambung dengan UI.

anto — Wed, 30 Jul 2008 17:32:54 +0000

Setelah sekian lama, akhirnya cluster UGM yang berada di PPTIK bisa tersambung dengan cluster Hastinapura UI. Sebelumnya penyambungan kedua cluster terhambat karena masalah di headnode UGM yang reverse DNS nya tidak bisa di lookup. Berikut pengujian dengan menggunakan globusrun-ws dan globus-url-copy

[antok@hpc ~]$ globusrun-ws -F hastinapura.grid.ui.ac.id -submit -c /bin/true Submitting job...Done. Job ID: uuid:42d04e64-5e5c-11dd-acc4-0018717137a9 Termination time: 07/31/2008 17:23 GMT Current job state: Active Current job state: CleanUp Current job state: Done Destroying job...Done. [antok@hpc ~]$ globusrun-ws -F hastinapura.grid.ui.ac.id -submit -c /bin/false Submitting job...Done. Job ID: uuid:730789c6-5e5c-11dd-83aa-0018717137a9 Termination time: 07/31/2008 17:25 GMT Current job state: Active Current job state: CleanUp Current job state: Done Destroying job...Done. [antok@hpc ~]$ echo $? 1 [antok@hpc ~]$ globus-url-copy gsiftp://hastinapura.grid.ui.ac.id/etc/issue file:///tmp/issue-ui [antok@hpc ~]$

Installasi GAMA

anto — Wed, 30 Jul 2008 12:39:04 +0000

GAMA merupakan kependekan dari Grid Account Management Architecture adalah aplikasi yang digunakan untuk mempermudah pengelolaan setifikat user dan menyediakan authentikasi dan authorizasi web service. GAMA bisa di download dari http://grid-devel.sdsc.edu/downloads/gama/. Saat saya membaca tutorial instalasi komponen-komponen GAMA baik dari link di SDSC maupun README file banyak mengalami kendala karena tidak sesuai script-script code aplikasi dengan tutorialnya sehingga saya harus melakukan patching sana sini. Silakan download turial yang sedikit ngelawak di sini sedangkan patch untuk CACL di download di sini

Add Aplication di UGP 4.x

sunu — Tue, 13 May 2008 07:09:17 +0000

Menambahkan aplikasi pada UCLA Grid Portal versi 4, cukup berbeda dengan UCLA Grid Portal versi sebelumnya. Pada versi ini, UCLA sudah menyediakan portlet Application Manager yang memudahkan kita untuk menambahkan aplikasi pada portal. Untuk itu, kita lihat gambar di bawah ini : (more…)

libXm.so.3: cannot open shared object file

rommy — Thu, 10 Apr 2008 10:22:21 +0000

qmon : error while loading shared libraries : libXm.so.3: cannot open shared object file : No such file or directory

Error tersebut biasanya ditemui setelah instalasi Sun Grid Engine (SGE) selesai, dan kali ini kami alami pada OS Fedora Core 6 - 64bit…lalu caranya sebagai berikut : (sesuai pengalaman lowh :D)

1. Download openmotif libraries dari situs ini, lalu pilih sesuai dengan OS yang kita gunakan.

kemudian install file tersebut, contohnya begini :

#rpm -i –prefix /tmp/motif –force openmotif-2.3.0-1.fc6.x86_64.rpm

2. Lalu salin file libXm.so.4 dari hasil instalasi di atas ke /usr/lib64

#cp /tmp/motif/lib64/libXm.so.4 /usr/lib64/

3. Kemudian buat softlink file tersebut

#ln -s libXm.so.4 libXm.so.3

apabila tidak ada halangan yang lain, maka InsyaAllah qmon sudah bisa digunakan.

SelamatMencoba!!

Konfigurasi Multiuser pada VNC

rommy — Thu, 07 Feb 2008 08:11:16 +0000

Pada saat mengoprek mesin prototipe grid/cluster, salah satu hal yang membuat kita cukup kerepotan adalah keharusan untuk mengakses langsung mesin head node nya, hal ini dikarenakan beberapa kepentingan administrasi memerlukan akses GUI yang tidak bisa digantikan dengan terminal/konsole.

Oleh karena itu, timbul ide untuk melakukan remote desktop pada mesin head node agar kami dapat melakukan aktivitas berbasis GUI pada mesin head node melalui laptop kami masing-masing tanpa harus berada di depannya langsung.

Langkah pertama adalah menginstall VNC sebagai aplikasi yang akan kami gunakan sebagai media remote desktopnya. (more…)

Administrasi SGE Menggunakan QMON

rommy — Wed, 06 Feb 2008 11:44:00 +0000

Sun Grid Engine versi N1 Grid Engine menyediakan fasilitas administrasi berbasis GUI yang dapat Anda gunakan pada mesin head node cluster. Fasilitas ini telah terinstall secara default pada :

$SGE_ROOT/bin/qmon

Namun, untuk dapat mengaktifkan panel ini, Anda perlu menyediakan sebuah shared library khusus yaitu libXm.so.3. File ini akan berada pada

/usr/lib

atau

/usr/X11R6/lib

bergantung pada OS yang Anda gunakan, namun default dari OS biasanya belum menyertakan file libXm.so.3 ini. Oleh karena itu Anda dapat menginstallnya dengan terlebih dahulu mengunduh (download) binary-installernya di sini.

Setelah itu, silahkan lakukan instalasi sesuai dengan perintah pada OS, Anda. Contohnya sebagai berikut :

# rpm -i --prefix /tmp/coba2 openmotif-2.3.0-1.fc6.i386.rpm

file tersebut akan terinstal pada direktori

/tmp/coba2

kemudian salin file libXm.so.4 yang ada pada direktori lib :

# cp /tmp/coba2/lib/libXm.so.4 /usr/lib

setelah itu buat link dari libXm.so.4 menuju libXm.so.3 :

# ln -s /usr/lib/libXm.so.4 /usr/lib/libXm.so.3

InsyaAllah, panel SGE Anda dapat digunakan, cukup ketikkan qmon pada terminal.

Instalasi Tomcat 4.1+ dan Gridsphere 2.2.10

rommy — Mon, 04 Feb 2008 08:02:27 +0000

Salah satu metode yang digunakan dalam pengelolaan grid yang dikomandani oleh Globus Toolkit (kami menggunakan GT 4.0) adalah kebutuhan terhadap adanya servlet container yang juga mendukung penggunaan web services sebagai alat komunikasi dalam pengelolaan sumber daya terdistribusi. Oleh karena itu hari ini kami memilih Gridsphere 2.2.10 sebagai pengelola antarmuka berbasis web sekaligus servlet containernya, dan digawangi oleh Tomcat 4.1+ sebagai server untuk aplikasi portlet yang akan dibuat nantinya.

Instalasi Tomcat 4.1+
Tentunya yang harus Anda lakukan pertama kali adalah mendownload source code Tomcat 4.1+ yang telah tersedia di kandangnya. Saya menyarankan untuk menggunakan koneksi internet yang cukup cepat, klo tidak, ya silahkan saja sabar menunggu hehehe.. (more…)

Instalasi SGE (SunGridEngine)

rommy — Fri, 01 Feb 2008 13:16:23 +0000

untuk menginstall SGE (bagi yang ga tau SGE, ke laut aja sonoh..), dibutuhkan kesabaran dan harus memakai baju…ya iyalah nginstal masak telanjang…kekeke

anggap Anda sudah memiliki beberapa komputer yang sudah beres clusternya (klo blom liat artikelnya genthur) kemudian installah SGE mulai dari mendownloadnya di sini dan jangan lupa download manual booknya di sana. silahkan dibaca dulu, saya ngga membacakan untuk Anda, enak wae…..ora mbayar…!!

jikalau Anda cukup pemalas (saya ngga bilang bodoh lowh..), silakan ikuti artikel ini…

(more…)

Portal Grid : Resep Awal Memasak

sunu — Fri, 01 Feb 2008 10:32:28 +0000

Kondisi lokasi yang berbeda secara geografis mengharuskan peneliti untuk melakukan share data dan resource komputasi. Proses pembagian resouce komputasi dan sharing data ini awalnya dilakukan dengan mengimplementasikan GT2 menggunakan shell script untuk mengakses resource, melakukan transfer file, memecahkan masalah dan menjalankan program-program komputasi jarak jauh. Hal ini diimplementasikan pula pada beberapa proyek sains di Cardiff University dan Swansea University, Inggris. Namun demikian, implementasi proyek sains ini mengalami beberapa kendala, antara lain user tidak bisa mengakses seluruh resource pada saat bersamaan. Selain itu, aplikasi harus dijalankan dengan command-line script dan memerlukan keahlian tersendiri sehingga user merasa kesulitan dengan antarmuka yang kurang bersahabat.

Permasalahan ini bisa diselesaikan dengan mengimplementasikan sebuah portal berbasis web yang mengatur manajemen resource penelitian. GridSphere adalah sebuah framework khusus yang didedikasikan sebagai framework berbasis komputer Grid. Aplikasi Gridportlets yang menjadi bagian dari GridSphere digunakan untuk manajemen resource dan pembagian tugas. Dengan framework GridSphere dan Gridportlet, peneliti bisa mengakses resource di beberapa lokasi secara bersamaan dan menampilkannya dalam sebuah antarmuka yang menyenangkan dan mudah untuk digunakan. Aplikasi portal yang dibangun ini nantinya juga akan memudahkan peneliti untuk saling bertukar data, membuat proyek penelitian baru yang bisa diakses secara real-time dari berbagai lokasi penelitian, melakukan penghitungan hasil penelitian secara bersama-sama, melakukan simulasi yang terkait dengan proses penelitian dan membuat sebuah catatan penelitian yang akurat.

(more…)

Membangun infrastruktur HPC cluster dengan Linux

gentur — Wed, 30 Jan 2008 11:19:02 +0000

Tulisan ini adalah dokumentasi dari infrastruktur cluster yang dibangun oleh tim hpc teknik elektro UGM. Sebelum membahas mengenai teknis pembuatan infrastruktur cluster, terlebih dahulu akan dibahas mengenai perencanaan dan perancangan cluster yang akan dibuat.

Cluster yang kami bangun adalah cluster yang ditujukan untuk HPC atau high performance computing. Cluster ini harus memiliki kemampuan untuk melakukan proses komputasi secara parallel. Mekanisme komputasi paralel yang kami gunakan adalah MPI (Message Passing Interface). Dengan MPI, sebuah proses komputasi dapat di distribusikan ke mesin - mesin komputasi yang lain.

Untuk mengimplementasikan HPC cluster yang memanfaatkan MPI sebagai mekanisme pendistribusian proses, dibutuhkan sebuah dedicated private network. Di dalam jaringan privat tersebut perlu dijalankan service - service yang mengintegrasikan mesin - mesin yang ada pada jaringan tersebut. Service - service tersebut adalah NFS, NIS SSH dan MPI. NFS digunakan sebagai global file system yang dapat diakses oleh semua mesin di dalam jaringan cluster. NIS digunakan sebagai sistem administrasi file - file (passwd,group,user,dll) terpusat termasuk administrasi user. SSH digunakan sebagai sistem komunikasi untuk menjalankan sebuah proses di mesin - mesin komputasi. MPI digunakan sebagai mekanisme pendistribusian proses komputasi.

(more…)